SQLAlchemy - FAQ

Engine.connect() vs Engine.raw_connection()

первый возвращает класс sqlalchemy.engine.base.Connection, второй sqlalchemy.pool.base._ConnectionFairy. Оба являются прокси к настоящему соединению, у обоих close() просто возвращает соединение в пул, однако второе считается более близким к DBAPI. например только из второго можно получить курсор.

свойство connection у sqlalchemy.engine.base.Connection является объектом sqlalchemy.pool.base._ConnectionFairy

задать Application Name

можно поставить вот так:
engine = create_engine(f'postgresql://user:password@localhost:5432/db?application_name=mytest')

или вот так, но после возвращения соединения в пул, application_name будет сбрасываться:
conn.execute("set application_name to 'mytest';")

autocommit

существует несколько autcommit, в самом postgres и управляющие флаги в sqlalchemy.